La principal ciudad del departamento de Madre de Dios es Puerto Maldonado (capital), la cual conforma el eje de desarrollo económico del departamento.
| Las principales ciudades del departamento de Madre de Dios | ||
| Ciudad | Población | Provincia |
| Puerto Maldonado | 78 996 en 2017 | Tambopata |
| Iñapari | 1 500 en 2013 | Tahuamanu |
| Salvación | 1 272 en 2017 | Manu |

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