El departamento de Canindeyú (en violeta en el mapa de arriba) se encuentra en el noreste de la Región Oriental del Paraguay.
Limita:
- Al norte con el departamento de Amambay y con Brasil.
- Al este con el estado brasileño de Paraná y el río Paraná.
- Al sur con los departamentos de Alto Paraná y Caaguazú.
- Al oeste con San Pedro.
Sus coordenadas aproximadas centrales son 24°13′11″S 55°08′35″O.